DYCZ-20C在EMSA研究中取代专用系统的实战报告

作者：六一生物发布时间：2025-11-20 09:13:01 点击：

实验室没有昂贵的专用EMSA设备？别担心，你那台“古老”的DYCZ-20C序列分析电泳仪，经过巧妙改造，完全可以胜任！本文详细介绍如何利用它完成专业的凝胶阻滞实验，验证蛋白质与DNA的相互作用。

当课题需要做EMSA来验证转录因子和启动子的结合时，我发现实验室没有现成的垂直电泳系统。看着闲置的DYCZ-20C，我萌生了一个想法：它本身就是一套精密的垂直电泳装置，为何不能用来跑EMSA胶？经过文献查阅和反复尝试，我们成功了。

一、方法改造的核心：从变性胶到非变性胶

DYCZ-20C设计用于变性的序列分析胶，而EMSA需要使用非变性的聚丙烯酰胺凝胶，以保持蛋白质-DNA复合物的天然结构。

二、配方改造：

1、去除变性剂：最大的改变就是不加尿素。
2、调整交联度：我使用了6%的聚丙烯酰胺，交联度为29:1（丙烯酰胺:甲叉双丙烯酰胺），这个比例能提供良好的机械强度和分辨率。
3、更换缓冲液：使用0.5x TBE作为凝胶和电泳缓冲液，其离子强度低于1x，更适合蛋白-DNA复合物的稳定。

三、实战流程与关键点：

1. 制胶：流程与测序胶基本相同，只是配方换了。灌制后静置聚合。
2. 预电泳：这一步目的不同但依然关键。EMSA的预电泳（通常10-15mA， 30-60分钟）是在4℃冷房中进行，目的是去除凝胶中的游离自由基，并预冷凝胶，防止结合反应在电泳过程中解离。
3. 结合反应：在另一管内，将纯化的蛋白和地高辛或生物素标记的DNA探针在结合缓冲液中孵育。
4. 上样与电泳：这是与测序最大的不同。
不加Loading Buffer？不对，要加，但加的是非变性的Loading Buffer（不含SDS等去垢剂），里面通常含有甘油以增加密度，和溴酚蓝指示剂。
电泳条件：在4℃冷房中，低电流（如15-20mA）恒流电泳。直到溴酚蓝跑至胶的底部附近。为什么用低电流？防止产热导致蛋白-DNA复合物解离。

四、结果与价值：

当我们进行化学发光显影后，成功的EMSA结果清晰地展示了出来：

1、游离探针条带：在最下方。
2、蛋白-DNA复合物条带：在游离探针的上方，因为分子量更大，迁移更慢。
3、竞争实验：加入过量未标记的竞争探针后，这条复合物条带消失，证明了结合的特异性。

这套方法不仅为我们课题组省下了一笔设备采购经费，更重要的是，它让我深刻认识到，充分理解一台仪器的原理后，其应用边界是可以被不断拓展的。DYCZ-20C不再只是一台“测序仪”，而是我们探索生命分子相互作用的得力平台。

本文由北京六一生物编辑整理。

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