DYCZ-20C测序胶的优化艺术——凝胶浓度与电泳条件的博弈

作者：六一生物发布时间：2025-11-20 09:12:12 点击：

为什么别人的测序图黑白分明、条带锐利，而我的却背景弥散、条带模糊？本文通过一系列对比实验，深入探讨如何通过调整凝胶浓度、缓冲液系统和电泳参数，将DYCZ-20C的性能发挥到极致。

在掌握了DYCZ-20C的基本操作后，我进入了漫长的“优化期”。我们的目标是得到一张可用于发表的高质量测序图谱。这背后，是凝胶浓度与电泳条件之间一场精妙的博弈。

优化维度一：凝胶浓度——分辨率的“主宰”

原理：聚丙烯酰胺凝胶的浓度直接决定了其分子筛孔径的大小。浓度越高，孔径越小，对小片段DNA的分辨率越好。

对比实验：

任务：读取一段靠近引物约100bp区域的序列。
方案A：使用4%的凝胶。结果：300bp以上的片段分离得很好，但100bp附近的条带挤在一起，难以分辨连续的碱基。
方案B：使用8%的凝胶。结果：100bp区域的条带被“拉开”，每个碱基的条带都清晰可辨，但大片段跑得很慢。

我的结论与方案：

读取长片段（>500bp）：优选4%-6%的凝胶。
读取短片段或高精度分析（如SNP鉴定）：优选6%-8%的凝胶。
我的常用方案：对于常规测序，我固定使用6%的凝胶，它在读长和分辨率之间取得了很好的平衡。

优化维度二：缓冲液与电泳条件——清晰度的“催化剂”

1. 缓冲液：必须使用新鲜稀释的高纯度TBE缓冲液。重复使用旧缓冲液会导致离子强度改变，导电不均，条带扭曲，背景升高。这是我的铁律。
2. 预电泳：上文已强调，这是降低背景的关键步骤。我通常会严格进行30-45分钟的预电泳，直到电流稳定。
3. 电泳温度（功率控制）：这是第二个核心技巧。聚丙烯酰胺凝胶电泳产热严重。
问题案例：我曾为了求快，设置了高功率，导致凝胶温度过高。结果是严重的“微笑效应”（条带两端向上弯），且条带扩散、背景极深。
优化方案：使用恒功率模式而非恒压模式，并确保仪器的冷却系统全力工作。我通常将功率设置在30-40W，并用手触摸玻璃板感觉只是微温。这样跑出来的条带又直又细，背景干净。

独家心得：如何判断一张完美的测序图？

经过优化后，你得到的理想结果应该是：

条带：尖锐、紧密相邻、从上到下宽度一致。
背景：整体灰底非常低，近乎白色。
信号强度：从底部到顶部的条带强度均匀衰减，没有中间突然断掉或变弱的情况。

达到这个状态，说明你的DYCZ-20C已经处于最佳工作状态。这个过程没有捷径，唯有对每一个细节的精益求精。

本文由北京六一生物编辑整理。

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