DYCZ-20F测序胶优化艺术，如何将读长与清晰度推向极限

作者：六一生物发布时间：2025-11-27 09:06:33 点击：

你的测序结果是否总在500bp后变得模糊不清？条带是否拖尾、背景是否过高？本文将通过一系列对比实验，深入剖析凝胶浓度、电泳温度与功率三大关键因素，分享如何将DYCZ-20F的性能调校至最佳状态。

在熟练掌握DYCZ-20F的基本操作后，我进入了“不满足”阶段。我的目标是：不仅要能读序列，还要读得长、读得准。为此，我进行了一场针对性的优化探索。

优化一：凝胶浓度——读长与分辨率的权衡

原理：凝胶浓度越低，孔径越大，允许更大的DNA片段通过，读长越长，但对小片段的分辨率会下降。

对比实验：

任务：测定一个含有约800bp目的片段的克隆。
方案A（6%胶）：读长确实更长，在700bp以后仍能看到可辨的条带。但前端（100-300bp）的条带间距较近，在复杂序列区域判读稍显费力。
方案B（8%胶）：前端条带分离度极佳，判读轻松。但在650bp以后，条带压缩严重，无法读取。
我的决策：对于常规测序（<600bp），我首选6%的凝胶，它在读长和分辨率之间取得了最佳平衡。只有当需要精确分析前端短片段或SNP时，我才使用8%胶。

优化二：电泳温度与功率——条带锐利的秘诀

1. 温度是灵魂：尿素变性胶必须在约50℃的温度下电泳。温度过低，DNA变性不彻底，会导致条带压缩、出现双带；温度过高，会使凝胶开裂，条带扩散。
我的方案： DYCZ-20F通常配有温控系统。我设置为功率模式（例如60W），让系统自动调节电压以维持恒功率，从而产生稳定的热量来保持凝胶温度。预电泳的目的之一就是让整个系统达到热平衡。

2. 功率与时间：

高功率（如70W）：电泳速度快，但可能因产热过快导致凝胶中部温度过高，产生“微笑”条带，且背景可能升高。
中高功率（如50-60W）：这是我的黄金选择。速度适中，温度稳定，能跑出笔直、锐利的条带，背景干净。
我的教训：曾为了赶时间，尝试用70W跑胶，结果一张胶上不同区域的读长和清晰度差异巨大，部分条带因过热而扩散，数据可靠性大打折扣。

一张顶级测序图的特征：

经过系统优化后，你获得的测序图谱应该具备：
条带：从下到上，始终保持尖锐、狭窄，相邻条带间隔清晰。
背景：整体灰底极低，近乎白色，信噪比高。
信号强度：从起点到终点，信号强度均匀衰减，无中间断档或剧烈波动。
读长：在确保清晰的前提下，能稳定读取的最大碱基数符合理论预期。

这背后，是对每一个参数的深刻理解和精细调控。DYCZ-20F就像一台高性能跑车，只有最懂它的司机，才能发挥出其全部潜力。

本文由北京六一生物编辑整理。

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